APEC年度部長會議約於每年9月至11月間舉行，該會議是由APEC經濟體的外交部門與經貿部門兩位首長出席，因此也慣稱為「雙部長會議」。主要任務為決定APEC活動的大政方針，並討論區域內的重要經貿問題。此外，若各工作小組在推動業務上認為有提高協調層次之必要，或有特殊共同問題需要處理，可建議召開專業部長會議，例如教育、能源、永續環境發展、財政、衛生、人力資源發展、礦務、海洋相關、區域科學與技術合作、中小企業、結構改革、通訊與資訊、貿易、運輸、婦女事務與觀光。有些專業部長會議每年舉行（例如，貿易部長會議、中小企業部長會議及財政部長會議），有些則不定期召開，例如，2003年SARS爆發，臨時召開第一屆APEC衛生部長會議。