由於我國與日本具備相似的產業結構與能源情勢，雙方著眼於互相師長的價值，在2001年決定每年舉辦的臺日能源合作研討會，藉以深化夥伴關係。此研討會為雙方官員、研究人員與專家的交流平台，臺日代表就當年度最受關注的能源議題分享經驗、意見、知識、觀察及展望。
歷屆會議以來，研討主題包含總體能源政策、電力市場改革、推廣再生能源與能源效率之措施、LNG市場全球趨勢與合作機會、鼓勵能源投資政策、核能、以及各項新能源與再生能源技術（如：太陽能、風能、生質能、海洋能、燃料電池、氫能、淨煤技術、碳捕捉與利用、智慧電表與智慧電網等）。
歷屆臺日能源合作研討會
| 屆次 |
地點 |
時間 |
| 1 |
臺灣臺北 |
2001年10月5日 |
| 2 |
日本東京 |
2002年 |
| 3 |
日本東京 |
2004年4月15日 |
| 4 |
臺灣臺北 |
2006年2月7日 |
| 5 |
日本東京 |
2007年9月13日 |
| 6 |
臺灣臺北 |
2009年10月15日 |
| 7 |
日本東京 |
2011年2月15日 |
| 8 |
臺灣臺北 |
2012年3月19日 |
| 9 |
日本東京 |
2013年3月28日 |
| 10 |
臺灣臺北 |
2014年4月17日 |
| 11 |
日本東京 |
2015年4月9日 |
| 12 |
臺灣臺北 |
2016年4月20日 |
| 13 |
日本東京 |
2017年4月5日 |
| 14 |
臺灣臺北 |
2018年4月19日 |
| 15 |
日本東京 |
2019年4月10日 |
| 16 |
臺灣臺北（視訊會議） |
2020年11月17日 |
| 17 |
日本東京（視訊會議） |
2021年12月1日 |
| 18 |
臺灣臺北 |
2022年11月24日 |